Cena jednoho dluhopisu závisí na různých faktorech. Každý dluhopis má jmenovitou (nominální) hodnotu, kterou určuje emitent v emisních podmínkách. Tato hodnota často bývá 10 000 CZK, ale může se lišit i v nižší nebo vyšší hodnotě. Je však důležité si uvědomit, že nominální hodnota dluhopisu zřídka odpovídá skutečné ceně, za kterou lze dluhopis na trhu koupit.

Cena dluhopisu závisí zejména na dvou faktorech. Prvním faktorem je výše úrokových sazeb v okamžiku nákupu. Pokud jsou úrokové sazby vysoké, cena dluhopisu se obvykle snižuje, a naopak, pokud jsou úrokové sazby nízké, cena dluhopisu se obvykle zvyšuje. Druhým faktorem je časový posun mezi datem nákupu a datem výplaty dalšího kuponu. Pokud se blíží datum výplaty kuponu, cena dluhopisu se obvykle zvyšuje, a naopak, pokud je datum výplaty kuponu vzdálené, cena dluhopisu se obvykle snižuje.

Při nabídce k nákupu nebo prodeji se cena dluhopisu uvádí jako procento nominální hodnoty, například „103,20“. To znamená, že za jeden dluhopis zaplatíme 103,20 % jeho nominální hodnoty. Tato částka však není konečná cena. K této částce je ještě nutné přičíst tzv. naběhlý úrok, který se uvádí k datu vypořádání obchodu. Celková částka, kterou investor zaplatí za dluhopis v den vypořádání obchodu, se skládá z čisté ceny dluhopisu (v procentech nominální hodnoty) a naběhlého úroku.

Celkové ceně dluhopisu v českých korunách nebo v procentech nominální hodnoty se říká hrubá cena dluhopisu. Je důležité poznamenat, že výpočet naběhlého úroku a změna ceny dluhopisu jsou technické záležitosti, které se řídí určitými konvencemi.